LinuxでEML

筑波大学農林工学系 奈佐原(西田)顕郎

Ecological Metadata Language (EML)は、生態学関係のデータを汎用的・統一的に記述するための書式のひとつである。ILTERやJaLTERなどの生態学研究ネットワークで標準的に採用されている。

このウェブサイトは、EMLをLinux環境でいじるためのメモ。Ubuntu 8.04を前提とします。内容に責任は持ちませんが、ご参考になれば幸いです。間違いの指摘や助言、歓迎です。

Morphoのインストール

まずここからmorpho-1.7.0-linux.jarというファイルをダウンロードして、ホームディレクトリ(~)に置く。ただしバージョン番号は時とともに変わるかも。

次に、JAVAが入っていることを確認する。

$ which java
と打って、 /usr/bin/java みたいに帰ってきたらOK。($はプロンプトなので打ち込む必要はない。プロンプトって何?という人は、Linux(Unix)の基礎から勉強したほうがよろしい。まじで。)

次に、Morphoをインストールする。

$ sudo java -jar morpho-1.7.0-linux.jar
グラフィカルなウィンドウが現れる。適当にNextボタンとかOKボタンをクリックしていく。するとインストールがはじまり、やがて終わる。Doneボタンをクリックして終了。この時点で、Morphoは
/usr/local/morpho-1.7.0/
のようなディレクトリにインストールできているはず。

ところで、もしあなたがそのLinuxの管理者権限を持っていなければ、sudoは使えないから、sudoをつけずに上のコマンドを実行する。その場合は、インストールするディレクトリは、自分のホームディレクトリの中に適当に作って下さい。

Morphoの起動

JAVA_HOMEという環境変数が設定されていないと、Morphoは起動できない。 そこで、以下のような記述をコマンドラインで実行する。もしくは、あらかじめ/etc/profilesなどに埋め込んでおくと吉。

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-openjdk/jre
そして、おもむろにMorphoを起動する:
$ cd /usr/local/morpho-1.7.0
$ ./morpho

その他

EMLとかMorphoとかの概念の説明は、ここが詳しい。